Domestication du riz dans le Yangzi : chronologie d’un débat ouvert

Onze mille ans, selon l’équipe de Lu Houyuan, à l’Institut de géologie et de géophysique de l’Académie chinoise des sciences, qui a publié sa chronologie dans Science en mai 2024. Six mille environ, selon Dorian Fuller et ses collègues de l’University College de Londres, qui plaçaient en 2007 l’avènement du riz domestique vers 4000 avant notre ère. Les deux estimations portent sur la même plante et sur la même région, le cours inférieur du Yangzi, entre les collines du Zhejiang et la baie de Hangzhou. Cinq millénaires séparent les deux réponses, et chacune s’appuie pourtant sur des restes végétaux sortis des fouilles d’un même organisme, l’Institut provincial du patrimoine culturel et de l’archéologie du Zhejiang.

Entre les deux s’étend un demi-siècle de fouilles, de grains carbonisés et de comptages au microscope.

Un chantier hydraulique sur la rivière Yao

Jusqu’aux années 1970, on cherchait le berceau du riz cultivé plus au sud. Des fouilles conduites en Asie du Sud-Est, en Thaïlande surtout, avaient installé l’idée d’un foyer tropical, et la botanique de l’époque insistait sur l’abondance des plantes alimentaires de cette région. Annick Lévy-Ward a retracé en 1999, dans la revue Études rurales, la façon dont des sites chinois plus anciens ont ensuite rouvert la question.

À l’été 1973, des villageois de Hemudu, près de Yuyao, creusent pour un ouvrage de drainage et tombent sur un habitat vieux d’environ sept mille ans. Deux campagnes, l’hiver 1973-1974 puis l’hiver 1977-1978, dégagent quatre couches superposées, des maisons sur pilotis et une masse de riz gorgée d’eau, pailles, panicules et balles mêlées à quelques grains. Le pollen et les balles de la quatrième couche, datée par le radiocarbone d’environ sept mille ans, font de Hemudu, au moment de sa découverte, le plus ancien riz connu au monde. Le musée du site, à Yuyao, expose toujours des grains et des tessons où la balle carbonisée se lit dans l’argile.

Dans les années 1990, la recherche remonte le fleuve. À Bashidang, dans le nord du Hunan, Pei Anping fouille un village de la culture de Pengtoushan dont les niveaux humides livrent une grande quantité de riz ; il le présente en 1998, dans Antiquity, comme le riz cultivé le plus primitif connu, aux caractères intermédiaires entre les sous-espèces indica et japonica et le riz sauvage. Le même numéro publie l’étude de Zhao Zhijun sur la grotte de Diaotonghuan, dans le nord du Jiangxi, fouillée par un programme sino-américain. Aucun grain ne s’y est conservé. Zhao travaille sur des phytolithes, ces microcorps de silice que la plante fabrique dans ses cellules et qui survivent à sa décomposition, et conclut que le Yangzi moyen est l’un des lieux où le riz a été domestiqué, avec un passage à la riziculture vers sept mille ans avant le présent.

En février 2005, un nouveau record est annoncé. Yuan Jiarong, qui dirige l’Institut d’archéologie de la province du Hunan, présente six grains de riz sortis de la grotte de Yuchanyan, dans le district de Dao, à environ un mètre de profondeur, sous la couche qui livrait un tesson de céramique. Il estime leur âge à quelque douze mille ans et les dit cultivés. Aucune datation directe des grains n’accompagne l’annonce, et Fuller, Qin et Har​vey écrivaient encore en 2007 que ces restes attendaient un échantillonnage systématique et des dates par spectrométrie de masse avant d’entrer pleinement dans la discussion.

Le critère de l’égrenage

Le riz sauvage disperse lui-même ses graines. À maturité, l’épillet, c’est-à-dire la petite enveloppe qui porte le grain, se détache de la tige et tombe au sol en laissant à sa base une cicatrice nette ; le riz domestique garde ses grains jusqu’au battage, et la cicatrice, arrachée, devient irrégulière. Ce trait se lit à la loupe sur des restes carbonisés ou gorgés d’eau, et il dépend directement de la manière dont les hommes récoltent. C’est sur lui que Dorian Fuller, Emma Har​vey et Qin Ling bâtissent en 2007, dans Antiquity, un article au titre interrogatif, « Presumed domestication ? ». À leurs yeux, le riz de Shangshan et celui de Kuahuqiao, dans le bas Yangzi, étaient sauvages, comme celui de Jiahu, plus au nord, et la domestication n’advient que vers 4000 avant notre ère, précédée depuis 5000 environ d’une culture prédomestique, phase où l’on sème et récolte une plante restée biologiquement sauvage. Dans un texte de la même année, les trois auteurs relisent Hemudu. La masse de riz y est surtout faite de balles, déchets du décorticage, une opération que le riz sauvage exige autant que le domestique, alors que le battage ne sert qu’à une plante qui ne s’égrène plus. Six des quinze fosses de stockage contenaient en quantité des glands et des châtaignes d’eau. Beaucoup d’épillets n’avaient pas de grain formé, indice d’une récolte faite avant maturité, pour devancer la chute naturelle des grains.

La réponse paraît dans The Holocene en décembre 2007, sous les noms de Liu Li, Gyoung-Ah Lee, Jiang Leping et Zhang Juzhong. Les auteurs contestent la valeur des tailles de grains carbonisés comme indicateur, signalent à Shangshan, dans des dépôts d’environ 10 000 ans, des cicatrices d’attache des deux types, et défendent l’idée que dès 9 000 ans, au nord comme au sud de la Chine, on récoltait le riz sauvage et l’on commençait à le cultiver. Liu Li a ensuite donné une contribution à La Révolution néolithique dans le monde, la synthèse collective dirigée par Jean-Paul Demoule chez CNRS Éditions, qui traite la Chine aux côtés du Proche-Orient, de l’Afrique et des Amériques.

Fuller répond avec du matériel neuf. À Tianluoshan, site de la culture de Hemudu situé à quelques kilomètres du gisement éponyme, son équipe classe 2 641 bases d’épillets en trois catégories, sauvages, domestiques et immatures. Il y a 6 900 à 6 600 ans, la part des formes domestiques passe de 27 à 39 %, tandis que le riz monte de 8 à 24 % de l’ensemble des restes végétaux. L’article, paru dans Science en mars 2009 avec notamment Zheng Yunfei, Zhao Zhijun et Sun Guoping, saisit la domestication en pleine course, à un moment où la majorité des épis se détachent encore d’eux-mêmes. Fuller ajoutait que le processus avait probablement duré au moins deux mille ans et que le début de la culture prédomestique restait obscur. Une part du désaccord tient donc au vocabulaire, puisque les uns datent la fin du processus, quand le riz dépend de l’homme pour se ressemer, et les autres datent ses premiers signes.

Shangshan, ou la silice comme témoin

Le site de Shangshan, à Pujiang, occupe un petit bassin entre les collines du haut Qiantang. Fouillé en 2001, en 2004 et en 2005-2006 sur 1 800 mètres carrés, il livre des maisons, des fosses, des sépultures possibles et une céramique dont l’argile a été dégraissée avec de la balle de riz, ce que Jiang Leping et Liu Li ont publié dans Antiquity en 2006. L’occupation couvre à peu près la période comprise entre 11 000 et 9 000 ans avant le présent. Pendant longtemps, pourtant, ces âges ont reposé sur la matière organique contenue dans les tessons, que du carbone plus ancien peut contaminer.

En 2017, Zuo Xinxin, Lu Houyuan et leurs collègues contournent l’obstacle dans les Proceedings of the National Academy of Sciences. Ils isolent les phytolithes du riz, les débarrassent de l’argile et des carbonates, puis les datent directement, après avoir vérifié la méthode sur des graines et des charbons d’une même couche du site voisin de Huxi. Les premiers niveaux de Shangshan donnent environ 9 400 ans, ceux de Hehuashan environ 9 000. Leur second argument tient à la forme. Les feuilles de riz possèdent des cellules bulliformes, de grosses cellules qui commandent l’enroulement de la feuille, et la silice qui s’y dépose garde sur son bord de petites facettes en écailles de poisson. Un phytolithe bulliforme qui porte neuf écailles ou plus est plus fréquent chez le riz domestique. À Shangshan, la proportion atteint environ 36 %, contre 17 % dans les sols de riz sauvage actuel et 67 % chez le riz domestique moderne.

Sept ans plus tard, la même équipe, avec Zhang Jianping comme premier auteur, étend la série. En combinant des dates par luminescence et des dates radiocarbone sur phytolithes, elle construit à Shangshan et à Hehuashan, dans le district de Longyou, une séquence continue d’environ 100 000 ans. Le riz sauvage y serait présent depuis ce terme, sa cueillette commencerait vers 24 000 ans, au début du dernier maximum glaciaire, une culture prédomestique s’installerait vers 13 000 ans, et la proportion de phytolithes de type domestique franchirait le seuil de la domestication vers 11 000 ans, ce qui ferait du riz, selon les auteurs, l’exact contemporain des débuts du blé au Proche-Orient. Le conditionnel s’impose, parce que les données détaillées de chaque phase n’ont pas été publiées avec l’article, comme l’ont relevé en 2026 d’autres spécialistes qui voulaient les reprendre.

Shangshan a livré une autre trace, sans rapport direct avec la date de la domestication. Fin 2024, des restes de moisissures et de levures, Monascus compris, identifiés sur des tessons de jarres globulaires, y ont signalé une boisson de riz fermentée, la plus ancienne connue en Asie orientale selon l’équipe qui l’a décrite.

Les écailles ne prouvent rien, objectent les sceptiques

Le critère n’a jamais convaincu tout le monde. Dès 2007, Fuller, Qin et Har​vey reprochaient aux phytolithes de la balle employés à Diaotonghuan de n’être reliés par aucun mécanisme connu au syndrome de domestication, et notaient que la méthode n’avait pas résisté à un essai de réplication sur des populations modernes. Ils rappelaient aussi que la taille des phytolithes bulliformes croît avec la maturité de la plante. L’objection la plus gênante est venue des rizières actuelles. Dans les sols de riz domestique cultivé à sec, la proportion de bulliformes à neuf écailles et plus tombe autour de 11,5 %, une valeur qu’on ne distingue plus de celle du riz sauvage. Les écailles se forment quand les cellules de la feuille sont comprimées par l’alternance de périodes humides et sèches ; elles enregistrent donc la conduite de l’eau au moins autant que l’état génétique de la plante.

En avril 2026, Ma Yongchao et ses collègues ont rassemblé dans npj Heritage Science les mesures publiées pour plus de 330 échantillons venus de seize sites du bas Yangzi. Leur lecture du bassin de Jinqu, où se trouve Shangshan, défait l’idée d’une marche unique. À Hehuashan, à Qiaotou et à Xiatang, la proportion de bulliformes à neuf écailles dépasse le seuil de 40 % vers 9 000 ans, et les bases d’épillets de type domestique dominent au milieu et à la fin de la culture de Shangshan. À Shangshan même et à Huxi, la proportion reste à 40 % ou en dessous, et les bases d’épillets sauvages atteignent 60 % dans les phases ancienne et moyenne. Les auteurs concluent à deux branches parallèles dans le même bassin, l’une qui achève une domestication vers 8 500 ans, l’autre qui continue d’exploiter un riz surtout sauvage. Le site qui a donné son nom à la culture de Shangshan se range ainsi, pour eux, du côté sauvage.

Pour les niveaux de Shangshan, le terme de riz cultivé nous paraît le plus juste, parce qu’il désigne un geste attesté, couper la plante, la rapporter et mêler sa balle à l’argile des pots, sans rien affirmer de son génome. Il est probable que les deux écoles décrivent un même phénomène saisi à deux moments, l’une le premier frémissement d’une sélection que des comptages au microscope parviennent à lire dans la feuille, l’autre le basculement, des millénaires plus tard, vers des épis qui ne tombent plus et une plante qui ne survit plus sans les gens qui la sèment, tandis que les bases d’épillets, seul indice qui permettrait de trancher, restent rares pour ces phases anciennes.

Un haplotype que plus aucun riz sauvage ne porte

La génétique devait départager les archéologues. Elle a multiplié les foyers. Une analyse publiée dans les Proceedings of the National Academy of Sciences en 2011 conclut à une origine unique du riz domestique, dans la vallée du Yangzi, il y a 8 000 à 9 000 ans selon l’horloge moléculaire. L’année suivante, l’équipe de Huang Xuehui séquence 446 riz sauvages et 1 083 variétés cultivées et place la première domestication du japonica, le riz à grain court, autour du cours moyen de la rivière des Perles, dans le sud de la Chine, l’indica naissant ensuite de croisements avec des riz sauvages locaux. Trois ans après, Peter Civáň et ses collègues décrivent trois domestications séparées, dont celle du japonica à partir de populations sauvages du sud de la Chine et du Yangzi. En 2017, un modèle cosigné par Fuller propose des origines multiples mais une seule domestication de novo, celle du japonica, dont la séparation d’avec le riz sauvage remonterait à 13 100 à 24 100 ans, un ordre de grandeur au-dessus des plus anciennes dates archéologiques. Briana Gross et Zhao Zhijun constataient dès 2014 qu’aucun consensus ne se dégageait des données génétiques.

Ces cartes ont une limite commune. Elles sont dressées à partir du riz sauvage d’aujourd’hui, dont l’aire a reculé à mesure que les zones humides étaient asséchées et mises en culture, si bien que de nombreuses populations ont disparu. Fuller, Qin et Har​vey relevaient en 2007 qu’un haplotype, c’est-à-dire une combinaison de variantes génétiques transmise en bloc, présent chez de nombreux japonica, l’haplotype CC, ne figure dans aucun échantillon sauvage moderne. La population sauvage qui l’a fourni s’est donc éteinte, peut-être dans le Yangzi même, peut-être sur la plaine côtière que la mer a recouverte entre Taïwan et la Corée. Une carte du riz sauvage actuel ne peut pas situer un ancêtre qui ne pousse plus nulle part, et c’est la raison pour laquelle les cartes génétiques, si denses soient-elles, ont toujours besoin des grains sortis des fouilles.

Kuahuqiao

Les champs racontent une autre chronologie. À Kuahuqiao, près de Hangzhou, l’équipe de Zong Yongqiang a lu dans les pollens, les algues, les spores de champignons et les microcharbons d’une carotte de sédiments l’installation d’une riziculture il y a environ 7 700 ans. Les occupants choisissent un marais côtier, brûlent les fourrés d’aulnes, entretiennent par le feu une prairie humide de type rizière et contiennent probablement, par de petites digues, les inondations d’une eau légèrement saumâtre. L’expérience dure environ deux siècles, jusqu’à ce que la mer submerge le site vers 7 550 ans. Publié dans Nature en 2007, le résultat fait de Kuahuqiao le plus ancien exemple connu de culture du riz en zone humide de Chine orientale.

Plus tard, dans la plaine du lac Tai, les petits champs irréguliers de Chuodun, à la fin de la culture de Majiabang, entre 6 500 et 5 800 ans, cèdent la place à Maoshan, à la fin de la culture de Liangzhu, entre 4 800 et 4 300 ans, à de grandes parcelles régulières équipées pour la gestion de l’eau. Le Yangzi moyen vient d’ajouter une pièce. En janvier 2025, l’Institut d’archéologie du Hunan a annoncé à Lijiagang, dans le district de Li, deux rizières avec leurs fossés, attribuées à la culture de Pengtoushan et datées de plus de 8 000 ans, les plus anciennes connues dans le Yangzi moyen. L’annonce, relayée par l’agence Xinhua, ne précise ni la méthode de datation ni les échantillons datés.

Sur le site de Kuahuqiao lui-même, les indicateurs divergent. Les phytolithes compilés par l’équipe de Ma Yongchao y donnent 58 % de bulliformes à neuf écailles et plus, une valeur proche de celle des rizières modernes. Fuller, Qin et Har​vey y voyaient en 2007 des grains en majorité immatures, récoltés verts, et un outillage agricole réduit à quatre possibles bêches en os, soit 4,4 % des outils en os et en bois de cervidé, quand Hemudu en a livré 192. Zong Yongqiang reconstitue à Kuahuqiao une rizière entretenue par le feu pendant deux siècles, et Dorian Fuller reconnaît dans les grains du même site un riz encore sauvage que l’on coupait avant qu’il mûrisse.

Pour aller plus loin

Ce sujet croise Hemudu, la naissance de la céramique dans les grottes de Chine du Sud, à Yuchanyan notamment, et la culture de Liangzhu, dont les rizières de Maoshan annoncent les grands aménagements hydrauliques. Le parallèle avec le blé du Proche-Orient reste ouvert. Il rejoint aussi l’arrivée du riz en Corée, puis dans le Japon de la période Yayoi.

Depuis quand cultive-t-on le riz ? La question paraît simple. Elle divise pourtant les spécialistes depuis un demi-siècle. Tous s’accordent sur un lieu, le grand fleuve qui traverse la Chine d’ouest en est, le Yangzi. Sur la date, leurs réponses s’écartent de plusieurs milliers d’années.

Un village sorti d’un fossé

En 1973, des villageois creusent un fossé de drainage dans l’est de la Chine. La scène se passe dans le Zhejiang, une province du cours inférieur du fleuve. Sous leurs pelles apparaît un village vieux d’environ sept mille ans. Le sol gorgé d’eau contient une épaisse couche de riz faite de tiges, d’enveloppes et de quelques grains. Ce village s’appelle Hemudu, et son riz est alors le plus ancien connu au monde.

Les archéologues remontent ensuite le fleuve à la recherche de traces plus anciennes. Dans une grotte du Hunan, une province du centre, un chercheur présente six grains de riz. Il leur attribue environ douze mille ans. Personne n’a pourtant daté ces grains eux-mêmes. Leur âge n’est donc qu’une estimation.

Un épi qui garde ses grains

Pour savoir si un riz est cultivé, il faut regarder comment il perd ses grains. Le riz sauvage les laisse tomber tout seul quand ils sont mûrs. Le riz des champs les garde jusqu’à ce qu’on le batte. Cette chute spontanée des grains porte un nom, l’égrenage. Sa disparition laisse une petite marque visible à la loupe, à l’endroit où le grain tenait à la tige.

Un archéologue de Londres, Dorian Fuller, fonde son raisonnement sur cette marque. Selon lui, beaucoup de riz anciens étaient encore sauvages, ou coupés avant d’être mûrs. Pour lui, le riz a besoin des hommes pour se ressemer à partir d’environ six mille ans avant nous. Les spécialistes disent alors qu’il est domestiqué. Cette étape arrive donc tard dans son récit.

Une autre archéologue, Liu Li, lui répond peu après dans une revue savante. Elle observe des marques des deux sortes dans un site plus ancien, Shangshan. Pour elle, les hommes ont commencé à cultiver le riz bien plus tôt. Les deux chercheurs ne parlent pas tout à fait du même moment. L’un date la fin du changement, l’autre ses premiers signes.

Des écailles dans les feuilles

Le riz fabrique dans ses feuilles de minuscules particules minérales faites de silice. Ces particules restent dans la terre des milliers d’années après la mort de la plante. Les spécialistes les appellent des phytolithes. Certaines portent sur leur bord de petites marques en forme d’écailles de poisson. Le riz cultivé en porte souvent davantage que le riz sauvage.

À Shangshan, une équipe de l’Académie chinoise des sciences compte ces écailles. Elle est dirigée par Lu Houyuan. Elle date aussi les particules elles-mêmes, alors que les dates plus anciennes venaient de la matière prise dans les poteries. Selon cette équipe, le riz de la région devient domestique vers onze mille ans avant nous. Ce serait, d’après elle, l’époque où le blé entre en culture au Proche-Orient.

D’autres chercheurs doutent de ces écailles. Dans un champ de riz cultivé au sec, elles deviennent rares, comme chez le riz sauvage. Elles semblent donc dépendre aussi de la façon dont la plante reçoit l’eau. Une autre équipe a repris toutes les mesures publiées. Elle range même le riz de Shangshan parmi les riz surtout sauvages.

Un ancêtre introuvable

Les généticiens espéraient trancher en comparant les gènes des riz d’aujourd’hui. Leurs études ne s’accordent pas. Certaines placent la naissance du riz à grain court dans la vallée du Yangzi. D’autres la situent plus au sud, près d’un autre fleuve chinois, la rivière des Perles. D’autres encore décrivent plusieurs naissances séparées.

Ces comparaisons partent des riz sauvages actuels. Or ces riz ont beaucoup reculé, car les marais où ils poussaient ont été asséchés pour les cultures. De nombreux riz cultivés portent un ensemble de gènes qu’aucun riz sauvage connu ne possède plus. La population sauvage qui l’a transmis a donc disparu. Elle vivait peut-être dans le Yangzi, peut-être sur une côte aujourd’hui sous la mer.

À Yuyao, le musée du site de Hemudu expose toujours des grains de riz et des morceaux de poterie. Dans leur argile, on voit encore la trace des enveloppes de riz brûlées.

L’article complet ouvre le comptage des épillets de Tianluoshan et suit, à Kuahuqiao, une rizière entretenue par le feu jusqu’à ce que la mer la recouvre.