East Smithfield : fouiller le cimetière de peste noire de Londres

Plus de deux cents corps par jour. Le chiffre vient de Robert d’Avesbury, greffier de la cour de Canterbury, qui décrit les semaines allant de la Chandeleur à Pâques 1349 et place ces inhumations dans un cimetière neuf qu’il situe « près de Smithfield ». Entre 1986 et 1988, les fouilleurs du Royal Mint ont relevé 762 individus pour deux années d’épidémie. Les deux nombres ne se recouvrent pas. Le chroniqueur ne précise jamais lequel des deux cimetières ouverts cette année-là il a sous les yeux, et les archéologues n’ont dégagé qu’une fraction du terrain concédé.

John Corey fait consacrer un terrain

L’acte de naissance du cimetière se lit dans un registre conservé à Glasgow. Le cartulaire du prieuré augustin de Holy Trinity Aldgate, coté Sp Coll MS Hunter 215 (U.2,6) à la bibliothèque de l’université, a été compilé entre 1425 et 1427 par un frère nommé Thomas d’Axbridge, qui y recopie plus de mille actes sur quelque 205 feuillets. Au folio 166, dans la liste des locataires d’une parcelle de la paroisse St Botolph without Aldgate, une ligne porte le nom de John Cory pour la vingt-troisième année d’Édouard III, l’année, précise le scribe, où la peste a commencé. Cette vingt-troisième année du règne court du 25 janvier 1349 au 24 janvier 1350. La notice suivante raconte la fondation. John Corey, poussé par des hommes importants de la Cité et avec l’accord du prieur Nicolas, demande à l’évêque de Londres de consacrer en cimetière un toft situé à l’arrière de cette terre, et le champ prend le nom de cimetière de Holy Trinity. Le cartulaire nomme l’évêque, Michael Northburgh, et il se trompe. Northburgh a été élu le 22 avril 1354, puis consacré le 12 juillet 1355 ; en 1348, le siège de Londres appartenait à Ralph Stratford, mort à Stepney le 7 avril 1354. Dans la même notice encore, la fondation de l’abbaye par Édouard III est datée de 1359, que l’éditeur du cartulaire corrige en 1349.

Soixante-quinze ans séparent les faits de leur copie. Cela se voit.

La même série d’actes mesure le terrain. Une composition de 1364 entre le prieuré et l’abbaye voisine décrit un toft bordé au nord par la rue dite Hoggestrete, aujourd’hui Royal Mint Street, long de 147 aunes à l’est et large de 93 aunes au nord, 65 au sud. L’aune anglaise valant quarante-cinq pouces, on obtient un quadrilatère irrégulier de quelque cent soixante-dix mètres sur quatre-vingts, ordre de grandeur plus que mesure. Le même accord fixe à cent shillings par an la compensation due au prieuré pour les offrandes perdues, prélevée sur la ferme de Londres et du Middlesex par une charte royale du 1er décembre 1356.

Des Londoniens ont demandé à y être enterrés. Johanna, veuve de John de Colcestre, poissonnier, lègue le 22 avril 1349 un demi-marc à l’église St Botolph près de Billingsgate, deux lits de plume à la fille d’un confrère de son mari, et veut reposer dans le nouveau cimetière de la Trinité près de la Tour. Son testament n’est enrôlé au Husting que deux ans plus tard, au rouleau 79. Un autre poissonnier, Andrew Cros, formule la même demande dans un acte enrôlé en 1354 ou 1355. L’écart entre la rédaction et l’enrôlement interdit d’en conclure que l’on enterrait encore là après 1350. En Angleterre, jusqu’en 1752, l’année commence au 25 mars, de sorte qu’une consécration de février tombe en 1348 pour les contemporains et en 1349 pour nous.

Quinze rangées et trois tranchées

La fouille a lieu entre 1986 et 1988, sur les deux hectares du site du Royal Mint, sous le code MIN86. Deux secteurs funéraires apparaissent, séparés par un espace vide. Trois tranchées de sépultures multiples, deux à l’ouest et une à l’est, reçoivent des corps empilés jusqu’à cinq niveaux. Autour, des rangées de tombes individuelles, une quinzaine selon un décompte et quatorze selon un autre. Presque tous les défunts sont étendus sur le dos, la tête à l’ouest, selon l’usage chrétien. Une proportion élevée a été inhumée en cercueil, ce qui a surpris les fouilleurs : on n’attend pas des planches de chêne dans une ville qui enterre deux cents personnes par jour. Du charbon de bois accompagne certains corps, peut-être pour absorber les liquides de décomposition.

Les totaux ne concordent pas d’une publication à l’autre. La monographie de 2008 annonce environ 759 sépultures et ne livre de données ostéologiques que pour 634 squelettes ; un article de 2005 écrit 761, la carte publiée par Nature en 2011 indique 762, et Sharon DeWitte et James Wood parlent la même année de plus d’un millier de squelettes fouillés dont beaucoup trop dégradés pour être étudiés. Ces chiffres mesurent des choses différentes, individus relevés sur le terrain et individus enregistrés puis analysables, et l’on ferait bien de préciser lequel on emploie. Le total que le cimetière aurait reçu, environ 2 400, repose sur une extrapolation. Les fouilleurs ont constaté qu’une petite partie seulement du terrain consacré avait servi, signe que l’épidémie a reflué avant qu’il faille tout utiliser.

C’est ici que l’image populaire s’effondre. La fosse où l’on jette les pestiférés pêle-mêle, à la chaux, de nuit, doit beaucoup à la peur de la contagion et à des sources textuelles et iconographiques rares, comme l’ont montré les travaux de Dominique Castex et Sacha Kacki sur les ensembles funéraires français de la peste noire. Les tranchées d’East Smithfield sont denses et elles sont rangées. Le constat vaut pour une épidémie qui arrive dans une ville prévenue, avec un clergé en place et un terrain consacré d’avance ; il ne vaudrait pas forcément pour un village surpris en pleine moisson.

Édouard III fonde sur le terrain, en 1350, l’abbaye cistercienne de St Mary Graces, seule implantation urbaine de l’ordre dans le royaume, rendue à la couronne en 1539. Le Royal Mint s’y installe en 1806 et y restera jusqu’à la fermeture de ses ateliers, ce qui pèsera lourd sur l’état des ossements.

Trier les morts par fragilité

Les os posent une question d’apparence simple. Si la peste a tué au hasard, l’assemblée des morts ressemble à la population vivante, avec beaucoup d’enfants et beaucoup de vieillards ; si elle a trié comme trie la mort ordinaire, le profil ressemble à celui d’un cimetière paroissial banal.

Le premier examen, publié par Tony Waldron en 2001, emploie les méthodes classiques d’estimation de l’âge et obtient un pic marqué entre 25 et 45 ans, ce qui le conduit à douter de l’intérêt des fosses de peste pour la paléoépidémiologie. Beverley Margerison et Christopher Knüsel reprennent ces données en 2002 et y comptent plus de jeunes adultes qu’un modèle catastrophique n’en prévoit. En 2005, Rebecca Gowland et Andrew Chamberlain appliquent aux mêmes squelettes une estimation bayésienne de l’âge, sur la surface auriculaire de l’ilium pour 132 adultes et la symphyse pubienne pour 70 d’entre eux, avec un cimetière de comparaison à Newcastle. Le pic disparaît. Il était, écrivent-ils, un artefact des méthodes classiques d’estimation de l’âge, qui ramènent les adultes vers les décennies moyennes de la vie.

Trois ans plus tard, Sharon DeWitte et James Wood retournent le problème. Ils mesurent la fragilité préexistante, repérée sur cinq marqueurs osseux et dentaires, hyperostose poreuse, cribra orbitalia, hypoplasies linéaires de l’émail, lésions périostées du tibia, longueur du fémur. Ils comparent 490 squelettes d’East Smithfield à 291 squelettes danois antérieurs à la peste, exhumés des paroisses urbaines de St Albani à Odense et de St Mikkel à Viborg. Chaque marqueur s’accompagne, dans les deux séries, d’un risque de mort accru, toujours moins accru à Londres qu’au Danemark. Pour les lésions du tibia, le surrisque atteint environ 50 % à East Smithfield quand il dépasse cinq fois au Danemark. La peste a donc trié ses victimes, moins durement que ne le fait la mort ordinaire. DeWitte a prolongé en 2010 en montrant que le risque augmentait avec l’âge adulte, puis en 2012 que la petite taille l’augmentait aussi.

Le point faible de cette démonstration est connu de ses auteurs, qui le disent eux-mêmes. Le témoin est danois, faute de cimetière de la Cité antérieur à 1348 qui soit fouillé, daté et publié dans les mêmes conditions, et une comparaison entre deux populations séparées par la mer du Nord ne mesure pas seulement l’effet de la peste. Les auteurs de 2008 restent d’ailleurs les plus convaincants des trois équipes sur un point mineur, celui de la statistique, puisqu’ils refusent de publier des seuils de signification que les erreurs d’estimation de l’âge rendent trompeurs.

Sous les bureaux, le quart fouillé

Ce qui manque ici manque pour des raisons précises. Dans le secteur est, les squelettes ont été gravement contaminés par les produits chimiques du Royal Mint, qui a occupé le terrain de 1806 à 1967, et les analyses chimiques comme une part des observations pathologiques sont perdues, définitivement. Une partie du cimetière n’a jamais été ouverte et dort sous les fondations. En janvier 2026, le gouvernement britannique a accordé le permis de construire d’une ambassade sur le site, assorti d’un centre d’interprétation patrimoniale consacré aux vestiges de l’abbaye ; un recours des riverains a été rejeté en première instance et un appel a été annoncé.

Un squelette de pestiféré ne porte aucune marque de peste. L’infection tue trop vite pour laisser une trace osseuse, et l’attribution du cimetière a longtemps reposé sur les seuls documents, sur la céramique et sur les monnaies trouvées dans les tombes. Les noms viennent uniquement des testaments. Nous connaissons Johanna de Colcestre, nous ignorons quel squelette elle est.

Sur l’identité des inhumés, une étude de 2019 a appliqué à 41 adultes d’East Smithfield une estimation d’ascendance fondée sur la morphologie cranio-faciale. Près d’un tiers d’entre eux présentaient une ascendance africaine ou mixte, et aucun n’avait reçu un traitement funéraire différent des autres. Quarante et un individus sur plusieurs centaines, c’est un sondage, et les auteurs le présentent comme tel.

Un génome tiré de quatre dents

En 2004, une équipe conduite par Thomas Gilbert cherche l’ADN de Yersinia pestis dans 108 dents appartenant à 61 individus, prélevés sur cinq sites européens de présumés pestiférés, East Smithfield compris. Elle ne trouve rien. Le résultat négatif est solide, parce que les auteurs mettent au point une technique d’inclusion qui limite la contamination et montrent que les méthodes antérieures laissaient entrer massivement de l’ADN bactérien environnemental. Pendant quelques années, ce travail a servi d’appui à ceux qui attribuaient la peste noire à un autre agent, charbon ou fièvre hémorragique.

L’argument a cédé en 2011.

Verena Schuenemann et ses coauteurs criblent 46 dents et 53 os de la collection d’East Smithfield, puis récupèrent par capture ciblée le plasmide pPCP1, propre à Y. pestis. Kirsten Bos et ses coauteurs publient dans la foulée un génome à trente fois de couverture moyenne, reconstruit à partir de quatre individus numérotés 8291, 8124, 11972 et 6330. Le génome ancien ne porte aucune position dérivée unique, et rien dans sa séquence n’explique la virulence du XIVᵉ siècle. L’individu 6330 en portait trois de plus que les autres, ce qui signale soit plusieurs souches en circulation à Londres, soit une évolution de la bactérie pendant l’épidémie elle-même.

Une autre question a suivi. La peste a-t-elle sélectionné des gènes chez les survivants ? En 2022, une équipe internationale publie dans Nature une analyse de variants immunitaires sur des échantillons londoniens et danois antérieurs, contemporains et postérieurs à 1348, les contemporains venant des tranchées d’East Smithfield. Elle identifie quatre variants sous sélection, dont un lié au gène ERAP2, avec un coefficient de 0,39, et montre expérimentalement que ce variant modifie la réponse des macrophages à la bactérie. Les mêmes allèles sont aujourd’hui associés à la maladie de Crohn et à la polyarthrite rhumatoïde.

La critique est arrivée en février 2025, dans la même revue. Alison Barton, Cindy Santander, Pontus Skoglund, Ida Moltke, David Reich et Iain Mathieson soutiennent que l’enrichissement en variations de fréquence disparaît dès qu’on applique un test de randomisation approprié, la valeur p gagnant dix ordres de grandeur ; qu’une erreur technique dans l’estimation des fréquences alléliques fait que pas un des quatre loci ne franchit les seuils annoncés ; que ces seuils ne corrigent pas les tests multiples ; et que les couvertures de séquençage, de 6,8 fois avant la peste à 7,5 pendant et 6,0 après, suffisent à fabriquer des écarts apparents.

Barton et ses coauteurs écrivent qu’il demeure plausible que des gènes immunitaires aient subi une sélection, mais que son ampleur et les gènes concernés échappent encore. Tauras Vilgalys et Jennifer Klunk répondent, quelques pages plus loin, que leurs données cellulaires sur la réponse à Y. pestis sont rarissimes en ADN ancien et qu’elles tiennent toujours. Les deux textes occupent le même numéro de la même revue, aux pages E19 et E23.

Pour aller plus loin

Ce sujet croise la chronologie de la peste noire en Occident, de son entrée par les ports méditerranéens à l’automne 1347 jusqu’aux vagues de 1361 et 1369, et les réactions collectives qu’elle a déclenchées, flagellants et pogroms de 1348-1349 en Rhénanie. Il rejoint aussi l’abbaye de St Mary Graces, fouillée entre 1983 et 1988 sur le même terrain, et l’archéologie urbaine de Londres, où les chantiers de réaménagement ont livré depuis quarante ans l’essentiel de la documentation disponible.

On imagine une fosse. Des corps jetés les uns sur les autres, de la chaux, personne pour dire une prière. C’est l’image que l’on garde des cimetières de peste, et le terrain fouillé à l’est de Londres, au pied de la Tour, ne la confirme pas. Il appartenait à des chanoines, et il a reçu les victimes de l’épidémie qui a frappé la ville en 1348.

Un terrain prêt avant l’épidémie

La ville savait que la maladie approchait. Elle remontait l’Europe depuis des mois, les nouvelles circulaient, et les cimetières des paroisses étaient déjà pleins en temps normal. Des terrains furent donc préparés hors les murs, à l’ouest et à l’est.

Celui de l’est appartenait à un prieuré. Un serviteur du roi obtint du prieur qu’une parcelle soit cédée, et de l’évêque de Londres qu’elle soit consacrée, c’est-à-dire reconnue comme terre sainte où un chrétien peut reposer. Le registre du prieuré a conservé l’affaire. Il donne même les dimensions de la parcelle, mesurées en aunes, la longueur du bras et de la main tendus.

Des Londoniens ont demandé à y être enterrés. Une veuve de poissonnier, en avril 1349, consacre quelques lignes de son testament à ses lits de plume, puis demande à reposer dans le nouveau cimetière près de la Tour. Elle le nomme comme un lieu ordinaire.

Des rangées et des cercueils

Le réaménagement du site a permis d’ouvrir le terrain en 1986. Les archéologues ont dégagé des zones de sépultures séparées par un espace vide.

Dans chacune, des rangées régulières de tombes individuelles. Entre ces rangées, de longues tranchées où les corps sont empilés, parfois sur cinq niveaux. Partout, les défunts sont couchés sur le dos, la tête tournée vers l’ouest, comme le voulait l’usage chrétien de l’époque. Beaucoup ont eu un cercueil, ce qui a étonné les fouilleurs, parce qu’on ne s’attend pas à des planches de bois quand une ville enterre des centaines de personnes par semaine.

Les corps ont donc été déposés avec méthode. La peur de la contagion n’a pas supprimé les gestes funéraires, elle les a accélérés.

Un peu plus de sept cents squelettes ont été relevés. Le chiffre varie selon les publications, et les ossements réellement exploitables sont moins nombreux encore, car une partie du terrain a servi d’atelier de métallurgie au XIXᵉ siècle et les produits chimiques ont abîmé les os pour de bon.

Les os ne disent pas tout

Un squelette de pestiféré ne porte aucune trace de peste. La maladie tue en quelques jours, bien trop vite pour marquer l’os. Pendant longtemps, on n’a donc su que ce que les documents voulaient bien dire.

Les analyses génétiques ont changé cela, lentement et par étapes. Une recherche de l’ADN du bacille, menée au début des années 2000 sur des dents prélevées à Londres et ailleurs, n’a rien donné du tout. Certains en ont conclu que la peste noire était une autre maladie. Les techniques se sont affinées, et une équipe est parvenue à reconstituer, à partir de quelques dents londoniennes, le génome presque complet de la bactérie. Elle était bien là.

Une découverte inattendue a suivi. Ce génome ancien ne contient rien qui explique la violence de l’épidémie, et il ressemble beaucoup à celui des souches actuelles, qui tuent bien moins. La virulence du Moyen Âge tenait donc à autre chose, à des corps affaiblis et à des villes entassées.

Les spécialistes se disputent encore sur un point voisin. Certains pensent que l’épidémie a favorisé des variantes génétiques protectrices chez les survivants, variantes qui nous rendraient aujourd’hui plus sujets à certaines maladies auto-immunes. D’autres ont refait les calculs et estiment que les échantillons sont trop petits pour conclure. Les deux camps ont publié leurs arguments dans la même revue, l’un à la suite de l’autre, en 2025.

Sous les bureaux et les logements bâtis depuis, une partie du cimetière n’a jamais été ouverte.

La version complète donne le passage du registre où un copiste se trompe d’évêque, le nom de la veuve qui a choisi d’être enterrée là, et le détail de la querelle sur le gène ERAP2.