La peste noire venait-elle vraiment d’Asie ? Ce que disent les tombes

La question « d’où vient la peste noire » en contient trois, qu’on gagne à séparer avant de commencer.

Où se trouvait le réservoir animal de la bactérie avant l’épidémie ? Où a eu lieu le passage du rongeur à l’homme qui a lancé la pandémie ? Et par quel trajet le pathogène a-t-il atteint la mer Noire en 1346 ? Ces trois questions n’ont ni les mêmes sources ni les mêmes degrés de certitude. La première relève de la génétique des populations, la deuxième de l’archéologie, la troisième des archives marchandes. On a longtemps répondu aux trois d’un seul mot, « la Chine », et ce raccourci s’est effondré en moins de quinze ans.

Commençons par le seul endroit où l’on dispose à la fois de pierres datées, d’ossements et d’ADN.

Pantoussov ouvre le champ funéraire, 1885

La vallée de la Tchou descend du Tian Shan vers la steppe, à l’ouest du lac Issyk-Koul. Trois cimetières chrétiens y ont livré un corpus d’environ 620 inscriptions funéraires, presque toutes en syriaque. Kara-Djigach, aux abords de Bichkek, Bourana près de Tokmak, et Krasnaïa Retchka. Les deux premiers sont fouillés en 1885 et 1886 par Nikolaï Pantoussov, qui estime à près de trois mille le nombre total de tombes du secteur et dresse un plan du champ funéraire, encore utilisé aujourd’hui. Les campagnes se poursuivent jusqu’en 1892.

Daniel Chwolson, orientaliste de l’Académie impériale des sciences, édite 548 de ces inscriptions en deux volumes, en 1890 puis en 1897. Le reste a été publié plus tard, au fil du XXᵉ siècle, par plusieurs épigraphistes russes et allemands.

Ces communautés comptent les années selon l’ère séleucide, qui démarre en 312 avant notre ère, chaque année courant du 1ᵉʳ octobre au 1ᵉʳ octobre suivant. Elles doublent souvent la date du cycle animalier turco-mongol. Sur les 620 inscriptions, 439 portent une année lisible, échelonnée de 1248 à 1345.

Et là, le comptage devient intéressant.

Cent quatorze de ces 439 pierres, soit 26 %, se concentrent sur les deux années 1337-1338 et 1338-1339. Sur la période 1295-1345, la moyenne annuelle est de 4,4 pierres. Elle monte à 31 pour 1337-1338, puis à 74 pour 1338-1339. Rapporté aux années ordinaires, le rapport atteint près de 17 pour 1. Philip Slavin, qui a repris ce comptage en 2019 dans le Journal of Interdisciplinary History, l’a comparé aux séries de testaments homologués d’Europe occidentale pendant la peste noire. À Givry, à Barcelone, à Bologne, à Dubrovnik, les rapports tournent autour de 15 ou 16 pour 1. La ressemblance est frappante, et elle ne dit encore rien de la maladie.

Dix pierres vont plus loin. Elles précisent la cause du décès par une formule syriaque, mīt[ā] bi-mawtānā, « mort de pestilence ». Le mot mawtānā ne prête pas à confusion, il désigne une mortalité épidémique. L’une des stèles de Kara-Djigach, reproduite et traduite dans l’article de 2022, se lit ainsi : en l’an 1649, qui était l’année du tigre, en turc bars, tombe du croyant Sanmaq, mort de pestilence. L’an 1649 séleucide correspond à 1338 de notre ère. Une autre, éditée par Chwolson en 1897 sous le numéro 142, enterre une jeune fille nommée Qïz Terim, morte la même année, de la même chose.

Slavin, en 2019, s’arrête volontairement avant la conclusion que tout le monde attend. Son article démontre une crise de mortalité. Il ne démontre pas la peste. Il écrit explicitement que la présence du mot mawtānā ne suffit pas à désigner Yersinia pestis, et qu’en l’absence d’analyse paléogénétique, le lien avec la peste noire européenne relèverait de la spéculation. Cette retenue, sept ans plus tard, se lit comme un modèle du genre.

Ces communautés ne vivaient pas à l’écart du monde. Les trois cimetières se trouvent à mi-chemin exact des deux grands marchés du khanat de Djaghataï, Otrar au nord-ouest et Almaliq à l’est, sur l’itinéraire que les caravanes suivaient en longeant la rive nord du lac. Les hoards de monnaies exhumés dans la vallée comportent des pièces frappées hors du khanat, notamment dans l’ulus de Djötchi, ce qui place la Tchou dans un circuit d’échange à l’échelle de l’empire mongol. Le manuel du marchand florentin Francesco Balducci Pegolotti, rédigé vers 1340, décrivait encore cette route de Tana à la Chine comme parfaitement sûre de jour comme de nuit. Une épidémie survenue là en 1338 ne survient pas dans un cul-de-sac.

Sept dents dans une armoire de Saint-Pétersbourg

L’analyse manquante est venue d’un détail de conservation. Les ossements exhumés en 1885-1886 n’ont pas tous disparu. Une partie se trouve à la Kunstkamera, le Musée d’anthropologie et d’ethnographie Pierre-le-Grand de Saint-Pétersbourg. Sept dents, provenant de cinq individus de Kara-Djigach et de deux de Bourana, ont été échantillonnées avec l’autorisation du musée.

Le criblage métagénomique a détecté de l’ADN de Yersinia pestis chez trois individus de Kara-Djigach, enregistrés sous les sigles BSK001, BSK003 et BSK007, tous trois inhumés dans la zone du cimetière appelée « chapelle 1 », celle où les sépultures de 1338-1339 sont les plus denses. Après capture ciblée, les couvertures génomiques atteignent 6,7 fois pour BSK001, 2,8 fois pour BSK003 et 0,13 fois seulement pour BSK007. Les deux premiers génomes diffèrent par vingt positions, que les auteurs attribuent à une contamination résiduelle : il s’agit d’une seule et même souche, ce qui est la règle dans un foyer épidémique unique.

La position de cette souche dans l’arbre généalogique de la bactérie est le cœur de l’affaire.

Depuis les travaux de Yujun Cui en 2013, on sait que Yersinia pestis a connu une diversification brutale en quatre branches, surnommée le « Big Bang », d’où descendent 64 % des souches modernes séquencées et environ 40 % de la diversité génétique actuelle de l’espèce. La souche de Kara-Djigach occupe exactement le nœud antérieur à cette multifurcation, désigné N07. Elle porte l’état ancestral à toutes les positions diagnostiques définissant les branches 1 à 4. Elle est séparée par une seule mutation de LAI009, un isolat provenant de Laïchevo, sur la moyenne Volga, et par deux mutations de cinq génomes identiques prélevés sur des victimes de la peste noire en Europe du Sud, du Centre et du Nord.

Autrement dit, l’homme enterré en 1338 au pied du Tian Shan portait l’ancêtre direct de la bactérie qui tuera à Londres onze ans plus tard. La datation moléculaire recalculée à partir de ce point d’ancrage place la divergence des branches 1 à 4 dans un intervalle de haute densité à 95 % allant de 1317 à 1345, avec une méthode alternative donnant 1316-1340.

Le réservoir animal, pour finir. Les lignées les plus proches en amont de la souche de Kara-Djigach appartiennent au groupe 0.ANT, et plus précisément à 0.ANT3. Les auteurs ont rassemblé 164 souches 0.ANT actuelles dont le lieu d’isolement est documenté. Toutes, sans exception, proviennent de l’est du Kazakhstan, de l’est du Kirghizstan et du Xinjiang, autrement dit de l’aire élargie du Tian Shan. La plupart ont été isolées chez des marmottes et leurs ectoparasites. La souche de 1338 n’a donc probablement pas été importée de loin dans la vallée de la Tchou ; elle y a évolué, dans des colonies de rongeurs de montagne, avant de franchir la barrière d’espèce.

Le résultat a été accueilli au Kirghizstan avec une certaine aigreur. En juin 2022, le ministère de la Santé a tenu à préciser publiquement que les deux cimetières se trouvent dans la région de Tchouï, et non au bord du lac Issyk-Koul, haut lieu touristique auquel les dépêches internationales avaient accolé le nom de la peste noire.

Une précaution écrite noir sur blanc par les auteurs

Les signataires de l’étude posent eux-mêmes la limite, et il faut la lire avant de poursuivre. Leur échantillonnage est étroit, deux cimetières, sept dents, et il ne permet aucune reconstitution de la diffusion de la souche. Ils rappellent qu’une population de Yersinia pestis peut s’étendre très vite sans accumuler de diversité génétique, ce qui signifie que la même souche a pu être présente simultanément sur une vaste aire. Et ils écrivent que les moyens exacts par lesquels la bactérie a atteint l’Eurasie occidentale restent inconnus.

Huit ans séparent les stèles de Kara-Djigach des premières mentions crédibles de peste en Crimée, à l’automne 1346. Aucun génome ancien n’a été récupéré entre les deux, sur près de 5 000 kilomètres. Ce qui occupe cet intervalle, dans la bibliographie, ce sont des textes. Un poème composé à Alep en 1348, le récit d’un notaire de Plaisance qui n’a jamais quitté sa ville, et une vingtaine de chroniques arabes du XIIIᵉ siècle qu’on a relues dans les deux sens depuis 2020.

Il faut maintenant les instruire pièce à pièce : le genre littéraire auquel appartient le récit d’Ibn al-Wardī, les deux sièges de Caffa que les archives distinguent et que la tradition confond, la date de levée des embargos vénitiens, et le pic de soufre repéré dans les carottes glaciaires du Groenland pour l’année 1345.